Канифольнинский сельсовет расположен в восточной части Нижнеингашского района. С севера граничит с муниципальным образованием посёлком Поканаевский, с востока и юго-востока- с землями Иркутской области, с юга и юго-запада – с муниципальным образованием посёлок Нижняя Пойма, с запада – с муниципальным образованием посёлок Тинской, с северо-запада – с муниципальным образованием Александровский сельсовет